1．按瘘管位置高低分类 ①低位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以下。可分为低位单纯性肛瘘(只有一个瘘管)和低位复杂性肛瘘(有多个痿口和瘘管)。②高位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以上。可分为高位单纯性肛瘘(只有一个瘘管)和高位复杂性肛瘘(有多个瘘口和瘘臂)。此种分类方法，临床较为常用。

2．按瘘管与括约肌的关系分类 ①肛管括约肌间型：约占肛瘘的70％，多因肛管周围脓肿引起。瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口大多在肛缘附近，为低位肛瘘。②经肛管括约肌型：约占25％，多因坐骨肛管间隙脓肿引起，可为低位或高位肛瘘。瘘管穿过外括约肌、坐骨直肠间隙，开口于肛周皮肤上。①肛管括约肌上型：为高位肛痿，较为少见，约占4％。①肛管括约肌外型：最少见．仅占1％。这类肛瘘常因外伤、肠道恶性肿瘤、Crohn病引起。治疗较为困难。

根据瘘口和瘘道的位置、深浅、高低以及数目，其分类有：

（一）外瘘和内瘘　外瘘至少有内外二个瘘口，一个在肛门周围皮肤上，多数距肛门2～3厘米，称为外口，另一个在肠腔内，多数在齿线处肛窦内，称为内口，少数内口在中齿线上方，直肠壁上。内瘘的内口与外瘘相同，并无伤口，临床所见90%为外瘘。

（二）低位瘘和高位瘘　瘘道位于肛管直肠环平面以下者为低位瘘，在此平面以上为高位瘘。后者对治疗方法的选择有关。

（三）单纯性肛瘘和复杂性肛瘘　前者只有一个瘘管，后者可有多个瘘口和瘘管。

从临床治疗角度以肛瘘和括约肌的关系较重要，可分为：①括约肌间型——最常见一种，内口位于齿线，瘘管在内外括约肌间行走，外口在肛门周围皮肤；②经括约肌型——瘘管经外括约肌及坐骨肛管间隙而在肛周围皮肤上穿出；③括约肌上型——不常见。瘘管同上穿破肛提肌而在肛门周围远处皮肤上穿出；④括约肌外型——少见，内口在齿线上直肠壁，外口在肛周远处皮肤上，瘘管在内外括约肌外，经肛提肌而下。