肛瘘内治中医疗法也可归纳为消、托、补三大法则，由于发病的原因不同，病情的变化不一，因此，在临床具体运用时，治法又多种多样。归纳起来，大致有清热凉血，清热利湿，清热解毒，补气益血、泻热通腑、养阴润燥、补中益气、活血祛瘀，滋阴清热和温阳健脾等法则。

1、清热凉血：适用于因血热肠燥而引起的便血，或内痔出血和血栓外痔初起的病人。选方常用凉血地黄汤、槐角丸加减治疗。

2、清热利湿：适用于肛门直肠痈疽实证、肛窦炎和炎性外痔等病人。选方常用萆藓渗湿汤、龙胆泻肝汤加减治疗。

3、清热解毒：适用于肛门直肠痈疽实证和内外痔感染的病人。选方常用黄连解毒汤、仙方活命饮加减治疗。

4、泻热通腑：适用于因热结肠燥而引起便秘的病人。选方常用大承气汤、脾约麻仁丸等加减治疗。

5、养阴润燥：适用于因血虚津乏而引起便秘的病人。选方常用润肠汤、五仁汤或增液汤加减治疗。

6、补气益血：适用于气血不足或久病气血虚弱的病人。选方常用十全大补汤、八珍汤加减治疗。

7、补中益气：适用于小儿、年老体衰或经产妇，因气虚下陷而引起的直肠脱垂或内痔脱出不收的病人。选方常用补中益气汤加减治疗。

8、滋阴清热：适用于肛瘘痔疮等阴虚有热的病人。选方常用青蒿鳖甲汤加减治疗。

9、活血祛瘀：适用于气滞血瘀，经络瘀阻的病人。选方常用桃红四物汤加减治疗。

10、温阳健脾：适用于因脾弱阳虚或脾肾阳虚而引起便血的病人。选方常用黄土汤加减治疗。