解剖因素 （30%）：
小儿骶尾骨弯度小，直肠较垂直，腹内压增高时，直肠缺乏支持而易于脱垂，直肠前陷凹腹膜反折过低，腹内压增高和肠袢压迫使直肠前壁突入直肠壶腹导致脱垂，老年人肌肉松弛，生育过多或分娩时会阴撕裂亦可使直肠发生脱垂。
腹内压增高 （20%）：
长期便秘，腹泻，慢性咳嗽和排尿困难等引起腹内压增高，可导致直肠脱垂，近年来国外研究发现，直肠脱垂常伴有精神或神经系统疾患，两者间的关系目前尚不清楚，有人认为神经系统病变时，控制及调节排便的功能发生障碍，直肠慢性扩张，对粪便刺激的敏感性减弱，从而产生便秘和控制排便能力下降，排便时异常用力，使肛提肌及盆底组织功能减弱，也是直肠脱垂的常见原因。
其他外伤（10%）：
手术引起腰骶神经麻痹，致肛管括约肌松弛，引起直肠黏膜脱垂。