异位胰腺的发生原因与胚胎发育异常有关，在人胚的第6～7周时，当背侧和腹侧胰始基随着原肠上段旋转融合过程中，如果有一个或几个胰始基细胞停留在原肠壁内，由于原肠纵行生长而可将胰始基带走，背侧胰胎基产生的细胞组织，将被带到胃;腹侧胰始基产生者则被带到空肠，成为异位胰腺，如果胰始基伸入胃肠壁，胆系，网膜甚至脾脏，就会在这些器官中出现胰腺组织，也为异位胰腺。