腱鞘囊肿的治疗通过挤压或捶击，使腱鞘囊肿破裂，逐渐自行吸收，但是治疗后可能复发。与关节腔相通的不容易破裂。或采用穿刺抽出囊液，注入肾上腺皮质激素或透明质酸酶，有一定疗效。其他方法治疗无效时，可手术切除腱鞘囊肿。复发率很高。术后应避免患病的关节剧烈活动1个月。 少数病例，可皮下自行破裂，不再复发。

非手术治疗
非手术治疗方法较多，包括用硬化猛击囊肿，造成皮下破裂；或注射局麻药后用粗针做多处穿刺囊肿，然后加压揉按；或将胶冻抽出后注入皮质激素药物。这些方法治疗后复发机会较多。

手术治疗
手术治疗时，需要将囊肿蒂连同其茎部的病变组织，以及周围部分正常的腱鞘及韧带彻底切除。如此操作，可减少复发机会。