在急性期中，经过及时，积极的治疗，多数病例可获得治愈，但仍有不少病人发生慢性骨髓炎，形成慢性骨髓炎常见的原因如下：
异物病灶（30%）：
由于死骨形成，较大死骨不能被吸收，成为异物及细菌的病灶，有死骨或弹片等异物和死腔的存在，引起周围炎性反应及新骨增生，形成包壳，故骨质增厚粗糙，如形成窦道，常经年不愈，如引流不畅，可引起全身症状。
细菌感染（30%）：
局部广泛疤痕组织及窦道形成，循环不佳，利于细菌生长，而抗菌药物又不能达到，形成慢性骨髓炎。
如细菌毒力较小，或机体抵抗力较强，脓肿被包围在骨质内，呈局限性骨内脓肿，称布劳德氏脓肿（Brodies abscess），常发生在胫骨上下端，起病时一般无明显症状，仅于数月或数年后第一次发作时才有局部红肿和疼痛，如病变部骨质有较广泛增生，使髓腔消失，循环较差，发生坚实性弥散性骨髓炎，称加利氏骨髓炎（Sclerosing osteomgelitis of Garre），最常发生在股骨和胫骨，以间歇疼痛为主。
其他（30%）：
急性期的症状消失后，一般情况好转，但病变持续，转为慢性期。在急性期未能及时和适当治疗，有大量死骨形成，形成慢性骨髓炎。