葡萄球菌能感染身体的任何部位，而症状也视感染的部位而定。感染的表现可以从很轻直到威胁生命。普通情况下葡萄球菌感染产生包裹性积脓，如像脓肿和脓疱（疖和痈）；葡萄球菌能通过血液播散并引起内部器官的脓肿（如肺）以及骨的感染（骨髓炎）和心内膜、心瓣膜的感染（心内膜炎）。

葡萄球菌易感染皮肤，皮肤上的葡萄球菌脓肿显示为一皮肤表面下的温热的充满脓液的腔。脓肿像一个大的包块常常破裂，溢出脓液在皮肤上；如脓未被清除可发生进一步的皮肤感染。葡萄球菌亦可引起筋膜炎，一种在皮下扩散的感染（见皮肤细菌感染）。通常脓疱也由葡萄球菌引起。两种特别严重的葡萄球菌皮肤感染是中毒性表皮坏死溶解（见皮肤炎性反应）和鳞状皮肤综合征（见皮肤细菌感染），这两种病均可导致皮肤大块脱皮。

新生儿可发生葡萄球菌皮肤感染，常常在出生后6周内。最常见的症状是在腋下、腹股沟或颈部皮肤皱纹处出现充满清亮液体或脓液的大泡。更严重的葡萄球菌感染能引起多发性皮肤脓肿、大片斑块状脱皮，血行感染以及脑脊髓膜感染（脑膜炎）和肺炎。

哺乳的母亲可以在分娩后1～4周发生葡萄球菌乳腺感染（乳腺炎）和脓肿。此种感染往往是在医院护理的婴儿受染后在哺乳时传染到母亲的乳房。

葡萄球菌肺炎是一种严重的感染（见肺炎）。有慢性肺部疾患的人（如慢性支气管炎和肺气肿）和患流感的病人有特别的危险患葡萄球菌肺炎。肺炎常引起高热和严重的肺部症状，如呼吸短促、快速呼吸、咳出较多带血的痰。在新生儿有时在成人，葡萄球菌肺炎亦可引起肺脓肿和一种胸膜感染（即包绕着肺表面的一层膜）。此种感染称作脓胸，可以加重由肺炎引起的呼吸困难。

虽然血中的葡萄球菌感染（葡萄球菌败血症）常由身体其他部分的葡萄球菌感染发展而来，它亦常来自污染的静脉用器械如导管，它使葡萄球菌直接到达血流。在严重烧伤的病人，葡萄球菌败血症是一种常见的死亡原因。典型的败血症病例具有持续高热有时发生休克。

血流中的葡萄球菌能导致心内膜及其瓣膜的感染（心内膜炎），特别在静脉吸毒者。感染会很快损坏心瓣膜导致心力衰竭和死亡。

骨的感染（骨髓炎）多见于儿童，老年人也能发生特别是在有深的皮肤溃疡者（褥疮）。骨感染引起寒颤、发热和骨痛，感染的骨表面发红、肿胀，液体可积聚在细菌感染部位邻近的关节中。感染的部位很疼，病人常常发热。有时X线和其他射线扫描能确定感染的部位，但一般对医生作出早期诊断没有帮助。

肠道的葡萄球菌感染常引起发热、腹部膨胀和胀气（一种由肠道运动暂时停止引起的症状）和腹泻。感染常见于住院病人，特别是做过外科手术或接受抗生素治疗的患者。

外科手术增加了葡萄球菌感染的危险，感染可引起针孔处脓肿或引起广泛的切口处破坏。此种感染通常发生在术后数日至数周，但如患者在手术时应用抗生素亦可发生更晚。术后葡萄球菌感染可恶化发展为中毒性休克综合征。