多数皮肤感染可适当选用口服抗生素如氯唑西林、双氯西林或红霉素。更严重的感染特别血行感染需要静脉注射抗生素治疗，通常要求疗程达到6周。

抗生素的选择有赖于感染的部位、疾病的严重性和最能有效杀死这种细菌的抗生素。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌能对常用的抗生素耐药，应给予特别注意，因为在大城市和众多医院内这种菌正在成为常见菌种，用以治疗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的抗生素为数不多，通常有效的为万古霉素和复方磺胺甲基异噁唑；万古霉素杀死这种细菌而复方磺胺甲基异噁唑具有抑制这种细菌繁殖的作用。

如已形成脓肿必须要引流。在皮肤上引流脓肿相对较简单，医生在脓肿处切一小口并使用压力清除感染的物质。脓肿在身体较深的部位则需要外科手术处理。