金葡菌虽可产生很多毒素和酶，并引起各种感染，但严格地讲，该菌与表葡菌，腐葡菌一样，仍是一个在寄生部位营共生的条件菌，在人体防御免疫功能健全的情况下不足为害，即使细菌越出寄生范围侵入深部组织，也可被白细胞，巨噬细胞，血清中特异和非特异因子等所吞噬杀灭，或被局限于分散的区域中形成典型脓肿，但若存在免疫功能低下(如颗粒细胞缺乏，严重基础疾病)或皮肤黏膜屏障破坏(如皮肤损伤，介入性医疗措施)的情况，则可能导致严重的金葡菌感染，此时，细菌从寄殖部位接种到受损的皮肤黏膜引起皮肤软组织局部感染如疖肿等，感染局部扩散造成痈，蜂窝织炎，脓疱疮或伤口感染，细菌还可进入血液，向远端器官播散，发生败血症，细菌性心内膜炎，骨髓炎，肾痈，脓毒性关节炎，硬膜外脓肿等，即使细菌不侵入血流，细菌毒素也可以引起局部和全身的疾病表现或综合征，如中毒性休克综合征，烫伤样皮肤综合征和肠毒素性胃肠炎，金葡菌的许多毒素如TSST1，Ses是为不需呈递抗原细胞处理的超抗原，这些超抗原可以刺激如IL-1，IL-6，IL-8和肿瘤坏死因子α(TNFα)等细胞因子的大量释放，从而导致系统性炎症反应综合征(SIRS)，最终引起感染性休克的发生，凝固酶阴性葡萄球菌主要是条件致病菌，其致病与免疫力低下和异物植入相关，异物的存在严重损害吞噬细胞的功能，静脉内导管等异物迅速被纤维蛋白原，纤连蛋白等血清成分包裹，这些血清成分通过细菌表面成分识别黏附分子使葡萄球菌黏附，并产生糖萼(多糖蛋白质复合物，glycocalyx)进一步巩固细菌黏附，寄殖，医院获得的心内膜炎常常与静脉内导管有关，长期留置导管导致心内膜炎的情况类似心内膜炎的动物模型，心导管损伤心脏瓣膜表面，在瓣膜上形成非细菌性血栓，导致细菌黏附感染。