除败血症、心内膜炎、脑膜炎、肺炎，TSS等外，无并发症的葡萄球菌皮肤和软组织感染、食物中毒、骨髓炎、尿路感染等的预后均属良好。金葡菌食物中毒虽发病急骤，吐、泻剧烈，但恢复也快。自对金葡菌有效的抗菌药物应用以来，慢性骨髓炎伴窦道形成的病例已属罕见。表葡菌和腐葡菌所致的尿路感染很少成为治疗上的难题。烫伤样皮肤综合征的病势虽较凶险，但大多数患儿经处理后顺利恢复。葡萄球菌败血症、心内膜炎、脑膜炎和肺炎的预后则较差，虽在有效药物的治疗下，其病死率仍然较高。
葡萄球菌败血症的病死率为30%左右(10%～50%)，心内膜炎的病死率为26%，以年老者的预后为差，有并发症如心力衰竭、栓塞、尿毒症或瓣膜破坏明显等者，其病死率约40%，远较无并发症者(12%)为高。金葡菌脑膜炎的病死率，据一组52例的统计为51.9%。金葡菌肺炎的病死率则为15%～20%，幼儿和老年患者的预后较差。TSS的病死率约为10%。
血清杀菌效价测定(以患者的病原菌为测试菌)对判断预后和指导治疗有重要价值，效价在1∶8以上者指示预后良好和用药恰当，在1∶4以下者提示预后较差，宜对抗菌药物的种类和剂量进行调整。