非淋菌性尿道炎的潜伏期一般为1~3周，发病较缓慢，而且相当部分的患者症状不明显，往往被忽略了，合并淋病时病情易被淋病的症状掩盖，给诊治上带来了很大的困难。
男性患者自觉尿道口刺痒，有烧灼感，尿道口红肿充血，尿频，尿急，有时有轻度排尿困难，如在较长时间不排尿，或晨起时尿道口有水样或稀薄粘液流出，有时尿道口有一层痂皮似的薄膜"封口"，或者内裤上有污秽物，有些病人无尿道分泌物或者分泌量很少，需用力挤压阴茎才有分泌物从尿道口溢出。
女性患者表现为白带增多，阴道红肿，子宫颈糜烂或有子宫颈炎并有少量分泌物，有的患者有轻微尿痛而无分泌物，还有些患者伴有腰疼但无任何其他症状。
非淋菌性尿道炎虽然症状较淋病淋病轻，但危害并不比淋病轻，由于症状较轻，很多患者失去了治疗的最佳时期，从而使治疗非常困难，本病尤其在女性中症状极其轻微，而女性感染者由于症状轻微往往不予治疗，增加了本病传播的机会，本病除引起尿道炎外，在女性约一半以上的患者有合并症，如子宫内膜炎，输卵管炎，宫外孕，不育症和流产。