肾积水的治疗应根据梗阻的病因、发病缓急、梗阻的严重程度、有无合并症以及肾功能损害情况等综合考虑。肾积水系尿路梗阻所致，故最根本的治疗措施是除去病因，比如炎症、肿瘤、结核等，若不去掉病因，终究不能治愈肾积水，尤其是肾结核的病人。

肾功能损害较轻者常可恢复。治疗方法取决于梗阻病变的性质，如为先天性肾盂输尿管狭窄，应将狭窄段切除并作肾盂成形一肾孟输尿管吻合术。‘肾、输尿管结石可行体外冲击波碎石（ESWL ) 、经皮肾镜或输尿管镜碎（取）石术。

如果病人病情较危重，不允许作较大手术或梗阻暂时不能除去时，可在B超引导下经皮肾穿刺造瘘，将尿液直接引流出来，以利于感染的控制和肾功能的改善；待病人身体条件许可时，再治疗梗阻的病因。如梗阻病因不能除去，肾造痰则作为永久性的治疗措施。对于输尿管难以修复的炎性狭窄、晚期肿瘤压迫或侵及等梗阻引起的肾积水，经膀胧镜如能放置双J形输尿管导管长期内引流肾孟尿液，既可保护肾功能，又可显著改善病人的生活质量。重度肾积水肾实质显著破坏、萎缩、引起肾性高血压或合并严重感染，肾功能严重丧失，而对侧肾功能正常时，可切除患肾。