尿道结石多数来源于膀胱和上尿路，并停留于前列腺尿道，尿道球部，阴茎部，舟状窝或尿道外口处，所以其成分与膀胱结石或上尿路结石的成分一致，如果结石与感染有关，原发尿道结石多为感染结石，通常为多发，结石也可以原发于尿道狭窄近端或者尿道憩室中。
尿道结石除了原发病的损害外，还可以引起尿道梗阻，结石对局部黏膜的长期机械刺激引起黏膜损伤，发生炎症，溃疡，增生，感染，脓肿等，少数甚至引起尿瘘等严重并发症。