1.疼痛：原发性尿道结石常是逐渐长大，或位于憩室内，早期可无疼痛症状，继发性结石多系突然嵌入尿道内，常突感尿道疼痛和排尿痛，疼痛可向阴茎头，会阴部或直肠放射。
2.排尿困难：结石引起尿道不全梗阻，可有尿线变细，分叉及射出无力，伴有尿频，尿急及尿滴沥，继发性尿道结石，由于结石突然嵌入尿道内，多骤然发生排尿中断，并有强烈尿意及膀胱里急后重，多发生急性尿潴留。
3.血尿及尿道分泌物：急诊病人常有终末血尿或尿初血尿，或排尿终末有少许鲜血滴出，伴有剧烈疼痛;慢性病人尿道常有黏液性或脓性分泌物。
4.尿道压痛及硬结：绝大多数病人均能在尿道结石局部触到硬结并有压痛，后尿道结石可通过直肠指诊触及，尿道憩室内的多发性结石，可触到结石的沙石样摩擦感。
女性尿道结石：女性尿道结石与男性相比不常见，这与女性尿道短和膀胱结石少有关，女性尿道结石多合并尿道憩室，不管是否合并结石，尿道憩室多表现为下尿路感染，性交时疼痛是另一突出症状，当脓性分泌物流出时，症状会暂时得到缓解，经阴道检查可在其前壁的尿道区触及质硬的团块，治疗方法为手术切除尿道憩室同时取出结石。