治疗须根据结石的大小、形状、所在部位和尿道的情况而定。
1.前尿道结石取出术：接近尿道外口的结石和位于舟状窝的小结石如不能自行排出，可注入液状石蜡后挤出，也可用钳子或镊子取出。前尿道结石在注入液状石蜡后可用手将结石推向尿道外口，再用钳子或镊子将结石夹出。也可用探针拨出，或将探针弯成钩状将结石钩出。但操作一定要轻柔，避免严重损伤尿道。较大的或嵌顿于舟状窝的尿道结石，如上述方法不能奏效者，可以切开尿道外口，向尿道内灌入无菌液状石蜡，然后边挤边夹，将结石取出。
2.前尿道切开取石术：前尿道结石嵌顿严重、不能经尿道口取出者，可以行前尿道切开取石术。阴茎部尿道切开后有形成尿瘘的可能性，故应尽可能避免采用尿道切开取石的方法。此时，可将结石推向球部尿道，尽量在球部尿道处切开取石。
3.后尿道结石的处理：对后尿道结石可用尿道探子将结石推回膀胱内，再在内镜下采用大力钳碎石、气压弹道碎石、激光碎石等方法治疗，也可行体外冲击波碎石或经耻骨上膀胱切开取石。如结石大而嵌顿者，可经会阴部或经耻骨上切开取石。尿道憩室中的结石，必须同时切除憩室。有尿道梗阻和感染者，需一并处理。
4.尿道镜取石术：尿道狭窄阻碍结石排出或结石嵌顿严重者，可经尿道镜在窥视下先切开狭窄段再行取石。结石大而嵌于尿道时间久者，可在内镜下行气压弹道碎石或激光碎石。不能取出者可行尿道切开取石。
5.震波碎石术：适应症：肾及输尿管结石除结石下方有梗阻者外均可治疗，大部分膀胱结石与部分尿道结石亦可治疗，部分胆囊结石也可以碎石治疗。