1、隐睾和腹股沟斜疝
尿道下裂最常见的并发畸形是隐睾和腹股沟斜疝，其发生率为7%～13%，其尿道开口越靠近阴囊其发生率越高。
2、尿路畸形
后型尿道下裂者其发生率约为1%～5%，合并其他系统畸形者发生率高，合并其他一个系统畸形发生率7%，两系统畸形发生率13%，三个系统畸形发生率37%。
3、前列腺囊
前列腺囊是一种胚胎发育过程中苗勒管抑制不全或尿生殖窦男性化不全的表现，在后型尿道下裂患者中的发生率为10%～15%，前列腺囊可造成尿路梗阻，囊内结石形成和感染等。
4、两性畸形
严重的尿道下裂如合并有外生殖器的性别特征模糊如睾丸下降不全，小阴茎，阴茎阴囊转位，阴囊分裂等表现，则应注意两性畸形的情况，应行染色体检查及有关内分泌功能检查，少见的伴发畸形有肛门闭锁，脊膜膨出等。