1、药物干扰。母亲孕早期服用抗癫痫药发生泌尿系统畸形明显升高，其中丙戊酸钠主要与尿道下裂及肢体短缺发病相关。
2、内分泌紊乱。尿道下裂主要与体内睾酮不足包括量的减少、质的下降以及其合成过程中类固醇氧化还原酶等酶的缺乏相关。
3、遗传因素。SRY基因及相关基因缺失、突变导致胎儿尿道融合中断，产生尿道下裂;功能性雄激素受体基因突变与重度尿道下裂有关;最新发现的ZFHXIB的突变和缺失常可致尿道下裂和肾管道的畸形;染色体异常人群尿道下裂发生率稍高于正常人群。
4、环境因素。大量的流行病学调查研究表明，环境中某些化学物质可以明显干扰尿道的发育，内分泌干扰因子通过扰乱人体内激素信号系统导致内分泌反馈调节系统的异常。