尿道下裂的患者在新生儿期少有症，但随年龄渐长，就会出现小便呈散开状、阴茎下弯等情形，而会阴型及阴茎阴囊型尿道下裂病患必须蹲着小便，这类病患到了成年可能会出现不孕、尿道口狭窄、无法性交等现象。尿道下裂还可能会合并其他泌尿器官的异常，其中隐睾症和腹股疝气最常见，而且严重的尿道下裂，合并其它先天异常的机率愈高。其它较少见的异常有输尿管尿液逆流、输尿管肾。