1、尿道开口异位，尿道开口异常于，从正常尿道口近端至阴茎体近端或会阴部的任何部位。部分尿道口表面有一层非常薄的黏膜样组织不完全覆盖导致轻度狭窄。有时尿道的一段海绵体缺如，其壁菲薄如纸。尿线一般向后，故患儿常取蹲位排尿。
2、阴茎向腹侧弯曲，尿道口远端的尿道板纤维组织增生、尿道壁各层组织缺乏、阴茎腹侧以及阴茎海绵体背、腹两侧不对称所致。
3、包皮堆积于背侧，阴茎头腹侧包皮未在中线融合，包皮系带缺如，全部包皮转至阴茎背侧，呈帽状堆积。根据尿道口位置可将尿道下裂分为四种类型：阴茎头型、阴茎体型、阴茎阴囊型和会阴型。