主要症状是疼痛和血尿，仅少数在肾盂中较大不活动的结石，又无明显梗阻感染时，可长期无症状，甚至患肾完全失去功能，症状仍不明显，待出现肾积水或感染时才被发现。其程度与结石部位、大小、活动与否及有无并发症及其程度等原素有关。结石越小症状越明显。

在肾盂内较小的结石由于移动性大和直接刺激，能引起平滑肌痉挛，或结石嵌顿于肾盂输尿管交界处发生急性梗阻时，则出现肾绞痛。绞痛后出现血尿，亦有结石逐渐长大导致慢性梗阻，发生肾积水和脓尿。在独肾或双肾结石，偶可发生完全性阻塞，由于肾肾反射机理，可引起急性尿闭，甚至发生急性肾功能不全。有的病患表现为贫血、胃肠道症状或尿路感染而就诊，易造成误诊。