尽管现在由于药物治疗、ESWL等方法的应用，绝大多数肾结石患者已不需要进行手术治疗了。随着微创手术技术的不断普及，开放手术的机会也大大减少。
(1)肾结石手术治疗的适应证：
①较大的肾盂、肾盏结石(如直径大于3cm的结石或鹿角型结石)：这些结石也可采用腔内泌尿外科手术的方法和体外冲击波碎石的方法治疗。
②肾盂、肾盏内的多发结石：手术对一次性取尽结石比较有把握。
③已有梗阻并造成肾功能损害的肾结石(如肾盏颈部有狭窄的肾盏结石、有肾盂输尿管交界处狭窄肾盂结石、有高位输尿管插入畸形的肾盂结石等)：对结石梗阻所致的无尿，应及时手术解除梗阻、挽救肾功能。
④直径>2cm或表面粗糙的肾结石以及在某一部位停留时间过长估计已经形成粘连、嵌顿的结石。
⑤对肾脏有严重并发症、全身情况不佳的患者：应选择手术治疗，以缩短治疗周期。
⑥一些多次体外冲击波碎石治疗未获成功或采用其他取石方法失败的患者。
(2)主要的开放手术方法：对有适应证的患者，应根据结石所在的部位、结石的大小、形态、数量;肾脏、输尿管的局部条件来决定手术治疗的方法。
①肾盂切开取石术：适用于较大的肾盂结石或肾盂内的多发结石。
②肾实质切开取石术：适用于鹿角形肾盂肾盏结石或肾盏内的多发结石、经肾盂无法取出或不易取净的结石。为了减少出血，一般选择在肾实质最薄的部位或离结石最近的部位切开肾实质。必要时还要采取暂时阻断肾脏血流、局部降温的方法来减少出血。
③肾部分切除术：对于局限于肾上盏或肾下盏的多发结石、特别是肾盏颈部有狭窄时，采用肾切开取石或肾盂切开取石都不能顺利取出结石时，可行肾部分切除术，将肾上极或肾下极连同结石一并切除。
④肾切除术：对一侧肾或输尿管结石梗阻引起的严重肾积水，肾皮质菲薄;合并感染并导致肾积脓，肾功能完全丧失者。如果对侧肾功能正常，可施行肾切除手术。
⑤甲状旁腺切除术：对原发性甲状旁腺功能亢进引起的结石，如是由腺瘤或腺癌引起的，就应行手术完整地切除;如果是由甲状旁腺增生引起的，就应切除4个甲状旁腺中的3个或3.5个腺体。
4.腔内泌尿外科手术
(1)经皮肾镜碎石术：经皮肾镜碎石术适用于体积较大的肾结石、铸型结石、肾下盏结石、有远段尿路梗阻的结石以及其他治疗方法(特别是体外冲击波碎 石)失败后的结石。最适合经皮肾镜碎石的是身体健康、较瘦、直径大于2cm的单发结石，位于轻度积水的肾盂中或扩张的肾盂内的结石。对大的铸型结石采用经 皮肾镜取石和体外冲击波碎石联合治疗，效果也很满意。 经皮肾镜碎石术的禁忌证包括：全身出血性倾向、缺血性心脏疾患、呼吸功能严重不全的患者，过度肥胖、腰肾距离超过20cm，不便建立经皮肾通道者，高位肾 脏伴有脾大或肝大者，肾结核，未纠正的糖尿病，高血压，肾内或肾周急性感染者，严重脊柱后凸畸形等患者均不能作经皮肾镜取石，孤立肾患者不宜进行经皮肾镜 碎石。
①超声碎石是利用超声换能器的压电效应将电能转换成声能，再沿着硬性探条传导至顶端，当探条顶端接触到结石时，超声波的高频震动能把结石碾磨成粉末状小碎片或将结石震裂。
②液电碎石是通过放置在水中的电极将储存在电容器中的高压电能在瞬间释放出来，使电能转变为力能，直接将结石击碎。液电的冲击力很强，碎石效果好。
③气压弹道碎石是模仿气锤的作用原理，利用压缩气体产生的能量推动手柄内的子弹体，在弹道内将能量传递到探杆，探杆尖端与结石反复撞击，将结石击碎。
④近年来用于泌尿系统碎石的激光器为最新研制的钬激光(holmirm laser)。钬激光是稀有元素钬产生的脉冲式激光，波长2140nm，恰好位于水的吸收范围，峰值功率瞬间可达上千瓦。钬激光可通过直径为 320～550um低水含量的石英光导纤维发射激光。通过内镜直抵结石将其粉碎，为多数泌尿系结石首选的体内碎石方法。与气压弹道碎石等体内碎石机相比 较，钬激光碎石术的有效率及安全性明显提高，与传统的激光相比，钬激光有明显优势。钬激光除可用于碎石外，还具有切割汽化软组织、凝固止血功效。对于时间 长、炎症反应重、已经形成包裹的结石可以先汽化包裹的软组织，再粉碎结石。钬激光可以粉碎包括胱氨酸结石、一水草酸钙结石在内的各种成分结石。
⑤电子动能碎石，电子动能碎石机由主机、手柄和脚踏开关3部分组成。其工作原理与气压弹道碎石机极其相似，它通过引发小金属探针类似的撞击运动来击 碎结石。所不同之处是，电子动能碎石是通过手柄中的磁芯按照电磁原理产生的能量形成高速短距离直线运动，来回反弹直接撞击金属探针，产生陡峭的动能冲击 波，并通过探头传递到结石，将结石击碎。经皮肾镜碎石成功率高，治疗肾结石可达98.3%，并有痛苦小、创伤小、适应范围广、患者恢复快等优点。它的主要 并发症有术中及术后出血、肾盂穿孔、邻近脏器损伤、感染、肾周积尿等。
(2)化学溶石疗法：它包括两个方面，一是通过口服药物的方法来溶解结石;二是通过各种途径将导管放到结石近段的尿路(主要是肾盂和膀胱)，经过导管注入溶解结石的药物，使药物与结石直接接触来达到溶石的目的。
临床上口服药物主要用于治疗尿酸结石和胱氨酸结石。经过导管注入溶解结石的药物主要有Renacidin溶肾石酸素、碳酸氢钠sodium bicarbonate、EDTA依地酸等。应根据不同结石的理化性质来选择相应的药物，如Renacidin是酸性溶液(pH3.9)可与结石中的钙结 合形成枸橼酸钙复合物，主要用于治疗感染性结石;碳酸氢钠和EDTA均为碱性药物，用于治疗尿酸结石和胱氨酸结石。
肾结石中医治疗:
中医排毒疗法治疗肾结石
肾结石目前主要的治疗有中药、碎石、手术三种方式，这些方法中，中药治疗是最安全的，中医排毒疗法能够改变人体的内在环境，排除血液内产生结石的有毒物质，去除其产生结石的物质基础。较大结石能使之溶化、破碎变小而排出体外。清除体内毒素后，由于净化了机体内环境，有效的防止了结石的再次发生和出现。