甲状腺机能亢进如果没有妥善治疗，长期控制，严重者可能造成许多合并症：

1、心脏衰竭：长期不治疗，心跳持续快速，最后会导致心房纤维颤动，引起心脏衰竭。
2、肌肉病变：甲状腺机能亢进，因为代谢快，能量消耗快，可能引起肌肉萎缩，造成肌肉无力，尤其是近端肌肉（例如大腿、上臂）。
3、骨质疏松：因为甲状腺机能亢进，会增加骨骼的代谢，所以长期下来会引起骨质疏松。小孩如果甲状腺机能亢进不治疗会造成X腿（膝盖无法承受重量会相撞）。
4、皮肤病变：皮肤粗糙，没有弹性，特别是脚的皮肤。
5、眼睛病变：眼求突出，眼皮盖不紧，可能引起角膜受伤，视力受损。或者因为眼球肌肉肿大压迫视神经，造成视力减退。