甲亢多采用内科治疗，还有手术切除部分甲状腺及放射碘疗法。每种治疗方法各有利弊。

小量碘为甲状腺正常运作所需，但大量摄碘可抑制甲状腺激素合成或阻止过量甲状腺激素的释放。因此可用大剂量碘阻止甲状腺激素过度分泌。尤其在需要迅速控制甲亢症状时，如甲亢危象发作或急诊手术前。但碘不作为甲亢常规或长期治疗药物。

丙基硫氧嘧啶或他巴唑是最常用的治疗甲亢药物，能减少甲状腺激素合成，降低甲状腺功能。两种药物均为口服制剂。开始治疗时用大剂量，以后根据血中甲状腺激素水平调整剂量。一般6周～3个月内可控制甲状腺功能。虽然大剂量用药可较快控制症状，但副作用也随之增加。副作用包括过敏反应（最常见皮疹）、恶心、味觉丧失，偶见骨髓细胞生成抑制。骨髓抑制使白细胞数量显著减少，病人易感染，危及生命。两种药物相比，丙基硫氧嘧啶用于孕妇较安全，因其不易透过胎盘影响胎儿。甲亢平在欧洲使用广泛，在体内转化为他巴唑。

β-受体阻滞剂如心得安可控制甲亢某些症状。这些药物能有效减慢心率，减轻震颤及紧张情绪，对甲亢危象和那些症状较严重而用其他治疗方法未能控制的患者尤其适用。β-受体阻滞剂对甲状腺功能无影响。

放射性碘能破坏甲状腺组织，故可用于治疗甲亢。口服放射性碘剂，对甲状腺放射活性大，而对机体其他组织影响较小。要掌握好剂量，既能使甲状腺功能恢复正常，但又不至于太低。然而，多数情况下，放射性碘治疗最终导致甲状腺功能减退症（甲状腺功能低下），需要甲状腺激素替代治疗，每天均要口服甲状腺激素片，以替代身体因破坏过多而产生的需要量不足，使甲状腺功能恢复正常。约25％的病人经放射性碘治疗1年后出现甲状腺功能减退，在20年后患病率显著增加。放射性碘能否引起癌变，尚未得到证实。孕妇禁用放射性碘，因其可透过胎盘，破坏胎儿甲状腺。

甲状腺切除术是手术切除部分甲状腺。手术治疗适合于年轻患者，也适合于甲状腺显著增大及对抗甲亢药物过敏或有严重副作用者。手术者约90％得以永久治愈。手术治疗也可引起甲状腺功能减退症，而必须服用甲状腺激素替代治疗。并发症少见，主要有喉神经麻痹、甲状旁腺（甲状腺后面调控血钙的小腺体）损害等。