桥本甲状腺炎（30%）：
是甲状腺功能减退症最常见的原因。甲状腺常肿大，由于甲状腺功能区逐渐被破坏，其功能减退常在多年以后才发生，由于甲状腺酶的异常，阻止甲状腺合成或分泌足够量的甲状腺激素。其他罕见疾病，无论是由于下丘脑分泌促甲状腺激素释放激素(TRH)或垂体分泌促甲状腺激素(TSH)的不足，均不能刺激甲状腺合成或分泌足够的甲状腺激素。。
食物中慢性碘缺乏（40%）：
可引起甲状腺肿大，甲状腺功能低下(甲状腺肿性甲状腺功能减退症)。这是许多非发达国家甲状腺功能减退的最常见原因。自从食盐中添加碘剂，使用含碘消毒剂消毒奶牛乳房，在美国这种类型的甲状腺功能减退已经消失。某些罕见的遗传性疾病中，由于甲状腺酶的异常，阻止甲状腺合成或分泌足够量的甲状腺激素。其他罕见疾病，无论是由于下丘脑分泌促甲状腺激素释放激素(TRH)或垂体分泌促甲状腺激素(TSH)的不足，均不能刺激甲状腺合成或分泌足够的甲状腺激素。