下丘脑-垂体疾病：下丘脑和垂体病变引起的男性不育症包括下丘脑-垂体的先天性疾病和后天性损害(肿瘤、炎症、创伤、放射损伤)及系统性疾病和药物等，这些均可影响下丘脑-垂体功能而导致不育。
垂体功能亢进：早期可有性欲亢进，继而发生性欲减退、阳萎而致不育。垂体功能减退可致性欲减退，房事困难，睾丸萎缩而致不育。
睾丸疾病：睾丸的先天性疾病如克兰费尔特综合症、XYY综合症、XX男性综合症等均可产生精子生产障碍或精子生长发育不良而引起不育；后天性睾丸异常，如炎症、创伤、放射损伤、系统性疾病及药物等均可影响睾丸功能而导致不育。