一般而言，包皮手术应在青春期后，病患不需要全身麻醉的情形下才予考虑施行。但是如果小男孩因包皮过长而合并发生了反覆的发炎甚至尿路感染时，就应及早予以手术治疗割除包皮。刚出生的小男婴是否要接受割包皮的手术，因争议较多应慎重考虑，不宜草率决定。如果婴儿有尿道下裂，更不可将包皮割掉，因为尿道下裂的修补须要用到包皮

包皮手术时，医师会视病患之情况给予适当之麻醉，为了避免病患可能对麻醉药品不适应而引起呕吐反应，手术前应禁食四到六小时；手术后，麻醉药效消退之后，伤口会有轻微疼痛及瘀肿的情形，应定时服用药物，通常在三天后，症状即可消退，伤口在七至十天后即可痊愈。伤口愈合前，应依照医师指示，定期回诊追踪复查，另外，手术后伤口部分应保持清洁干燥，小便时请小心不要弄湿纱布，如果纱布被尿液浸湿，可先将纱布拿掉，再回门诊换药。

手术后，除了上全身麻醉的小孩为了照顾及安全上的考量，需要短暂的住院观察之外，一般病患仍可从事日常工作，不需住院。青春期及成年的病患在手术后会因阴茎勃起引起伤口的肿痛出血，若是轻微出血时，只需局部冷敷加压止血即可，若出血严重时，则应立即回院就诊。由於伤口缝合皆采用可吸收之缝线，所以伤口愈合后并不需要拆线。

必要时，可以将伤口泡在清洁之温水中以促使缝线脱落。在手术一个月后，病患可以恢复性生活，并不会影响性功能。 包皮手术可说是泌尿科手术最常施行的手术，也是一般所谓的”小手术”但虽是常见的小手术，也不是不会发生大问题，曾有婴儿因接受包皮切除手术而龟头被切掉。至于前述这位年轻患者发生的状况，可能是在手术过程或手术后的护理上的问题，导致了一段期间精神和身体的受罪，幸好最终处理完善，否则会留下些许的遗憾。所以对于包皮的处理，医师和患者皆应小心谨慎为之。