男性不育有很多原因，先天性问题较大，后天性比较容易克服，只要医疗得法，还是有机会再先生机。
性功能障碍包括阳痿、早泄、遗精、不射精等，不射精症占男性不育原因的35%。
以内科疾病为例，如糖尿病及有些神经系统的疾病，会引起性无能，也会造成精子产量减少。肺结核引起的副睾丸炎和前列腺炎，都会使精子的输送发生问题，如果患者常罹患慢性鼻窦炎、慢性支气管炎及细支气管扩张症，这些症状有时和精虫无力症或组织囊状纤维化症(造成双侧输精管缺损)有关。青春期后的腮腺炎有时会引起睾丸炎，使睾丸失去制精能力。
长期大量服用烟酒会造成精液品质下降。吸食大麻、海洛因也会影响男性生育力。最近六个月有无发烧超过38.5℃，如果发烧超过38.5 ℃，会抑制精子的制造达六个月久，并且发烧也会破坏精子DNA。
精液质量异常，包括少精症、无精症、死精症、弱精症、多精症、精量过少及精液不液化等。少精症占男性不育原因的15.4%。
免疫学因素：指男子血清或精浆中存在有抗精子抗体，产生自身抗精子免疫反应，导致免疫性不育。
精索静脉曲张引起的男性不育占12%。
有一些药物会造成精子暂时性或永远性的减少，像一些贺尔蒙制剂，如男性荷尔蒙、女性荷尔蒙、类固醇等一些治疗泌尿道感染的药物，如Nitrofuratoin;治疗痛风的药物如秋水仙素、治疗溃疡性结肠炎药物，如Sulphasalaz inel(一种黄胺剂)，会造成精子数目暂时性的减少。孕妇食用或暴露在女性贺尔蒙或类女性贺尔蒙添加物，会生下生殖器异常或睾丸制精能力低的男孩。为使身材健美而服用男性贺尔蒙也会造成精子数目下降。
一些治疗癌症的化学药物也会对生育能力造成影响;放射线治疗会对生育功能造成不可恢复性的伤害，对于这些病人事先将精虫冷冻起来以备日后之需。
生殖道感染、先天性异常、全身性疾病及不明原因引起的不育。
另外，最近半年内有无为了外科手术接受全身麻醉、有无接受睾丸切片手术，这些都会暂时抑制睾丸制精能力。曾经接受前列腺切除手术、膀胱颈口因阻塞手术的病人，有时会造成逆行性射精造成无精液症。尿道口因外伤造成狭窄也会造成精液不能射出。
尿道下裂症或尿道上裂症在重建手术之后有时会造成射精困难。疝气的手术有时会造成输精管的阻塞。输精管结扎或切除手术会造成抗精虫抗体的产生，这些使得输精管再接通手术的效益打折扣。成功的精索静脉曲张手术之后，精液品质还是没有改善，则要找出其它造成不育的原因。
反复的泌尿道感染，像前列腺的感染，会伤害到生殖器官，而影响精液的品质。性病，如梅毒、淋病、单纯性疱疹病毒及人类乳突病毒的感染，都会造成男性不育。疱疹病毒及人类乳突病毒会降低精子活动力。
睾丸曾经受到外力伤害，偶尔是造成不育的原因，这主要是因睾丸外伤造成睾丸血肿或睾丸萎缩，单侧睾丸外伤会经由抗精子抗体的产生，影响另侧睾丸所制造精子的功能。在青春期前或青春期是否曾有阴囊肿胀剧痛的经验，这表示可能是睾丸扭转，睾丸扭转超过六个小时没有紧急开刀会造成生育能力下降。隐睾症也和不育的严重程度有关系。
除此之外，男性不育的诱因还与个人行为紧密相关，比如缺乏性生活的基本知识，造成夫妻双方虽然性功能都正常，但是不知道怎样过性生活的困境;精神过度紧张，引起内分泌失调;长期过度劳累，休息不正常导致免疫系统的混乱。