治疗性功能障碍患者需要采取综合方法。对患有器质性疾病的患者要积极治疗原发病，药物引起者停用药物。
1.性教育及心理治疗
加强性知识指导，消除对性问题的顾虑和恐惧，纠正错误性观念及性交方法，使夫妻性生活协调。心理治疗强调个体化治疗方案，常用的有精神分析法、厌恶疗法、系统脱敏疗法、家庭疗法等。
2.性行为治疗
主要是通过性感集中训练，使患者逐渐适应、熟悉性交过程，提高患者对性反应的自身感觉，充分享受性交的快感，减轻对性交的焦虑和恐惧。治疗过程中对方应避免对患者性体验、性自尊心和性幻想的不良刺激，避免有害的性引诱活动。耻骨尾骨肌训练对于在分娩后有盆底肌肉松弛现象或耻骨尾骨肌不发达的女性特别有效。
3.药物治疗
治疗勃起功能障碍，首选PDE5抑制剂，如西地那非、伐地那非、他达拉非等。早泄可选用选择性5—羟色胺再摄取抑制剂。口服左旋多巴、麻黄素等有促进射精作用。三环类抗抑郁药是治疗性恐怖症和抑郁的首选药物。雌激素替代治疗可增加阴蒂的敏感性和性欲，减轻性交疼痛。对于有焦虑情绪或抑郁症等心理疾病时进行相应的药物治疗。
4.物理治疗
电动按摩器可以促进男性射精。使用振荡器、阴茎模型可增加女性的刺激。
5.手术治疗
主要是针对阴茎本身疾病，如伴有包皮口狭窄的包皮过长和包茎患者，可采用手术治疗，一方面有利于阴茎的充分勃起，同时切除包皮显露龟头可增加其对刺激的敏感性，有利于射精。
6.中医治疗
中药治疗和针灸治疗对性功能障碍有一定的效果，可辨证施治。