生殖器疱疹是误诊率较高的疾病。有很多患者仅仅有一点轻度的包皮龟头炎，即被某些别有用心的所谓医生们诊断为生殖器疱疹，笔者就遇到数位这样的患者。有一些小门诊部受金钱的驱使，常常误导患者。下面介绍几个需要鉴别诊断的疾病。

龟头包皮炎：初起潮红、糜烂，但很少出现水疱。可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物。依据不同的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎、滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。
硬下疳：为硬性溃疡，边缘整齐。详见梅毒。
淋病：也可发生龟头包皮炎，但主要表现为急性化脓性尿道炎。
固定红斑性药疹　常常由于口服磺胺类药物或止痛类药物引起。发生于阴部，有红肿，常破溃，糜烂，也有复发，要仔细地询问病史。
接触性皮炎。
带状疱疹。
脓疱病。
生殖器神经性血管水肿。
巨型荨麻症等。