患者首发症状常发生在感染后4～7天，初起症状常感瘙痒、刺麻、疼痛，继之出现小红疹，接着是一组小的疼痛性疱疹，疱疹破溃并融合成圆的溃疡，数天后溃疡结痂。大约10天后溃疡愈合，但可留下瘢痕。还可有排尿困难，行走困难。腹股沟区淋巴结常轻微肿痛。首次发病较复发病例症状重、病较长，病变范围广，还可有发热、全身不适。

男性患者，疱疹及溃疡可发生在阴茎的任何部位，包括包皮。女性患者，病变多位于外阴、阴道内及其周围。

免疫功能不全者，如HIV感染者，疱疹可以很严重，扩散至身体的其他部位，病程持续数周或更长，偶尔对阿昔洛韦耐药。

生殖器疱疹常可在原发部位或附近复发，这是由于病毒持续存在于骨盆神经附近，再激活后可再感染皮肤。ISV-2型病毒更易在骨盆神经再激活，而HSV-1型病毒更易在面神经再激活，并引起发热性疱疹或口唇疱疹。然而这两种类型病毒均可在生殖器、口唇处引起疱疹疾病。一种类型HSV先感染，可为另一种类型HSV感染提供部分的免疫力，因此第二种HSV病毒感染引起的症状要轻些。