生殖器疱疹不能根治，但治疗可以缩短病程。持续低剂量抗病毒药物，可以减少其发作次数，通常在症状出现后2天内，早期治疗效果最佳。可口服阿昔洛韦及相关的抗病毒药，也可制成膏剂直接涂于患处。这些药物可抑制病毒复制，减少病毒排出，因此可降低其传染性。药物治疗还可减轻初次发病的症状，然而即使对首次发作早期治疗仍不能防止其复发。

疱疹患者，当他们未注意到其发病而性交时，可将该病毒传染给他们的性伴侣。