诸法均无效时，可求助于手术治疗。手术治疗采取切断大汗腺导管及破坏腺体的方法，以达到彻底根治的目的。适用于20-40岁的严重腋臭病患者。此外，尚有冷冻法、拔毛术、激光疗法。冷冻治疗常留有后遗症。拔毛术疗效不佳，激光疗法破坏大汗腺而不留大的手术疤痕，效果不错。

药物治疗臭汗症，虽然安全，但效果并不一定完全，最大的缺点是必须持续使用。虽然当年纪大时，臭汗症会逐渐改善，但对于追求一劳永逸者，手术有着很大的吸引力。

手着方式最传统的是以电针扎入毛囊，藉由凝固破坏。此种方式破坏力小，但复发率高，又十分费时，在国外多由专修电学的美容师处理，国内医师已早采用，除毛效果较除臭汗症有效。传统手术切除将皮肤沿纹路切开五到七公分伤口，目视下逐一去除大汗腺，成功率可达百分，具有一定的好处，但术后二周才能拆线，也会留下不太雅观的疤痕。

因此目前手术倾向以小开口的方式处理，透过特殊设计的旋转刮刀伸入皮内，刮除顶浆腺，伤口小，复元较快，约七至九天。此外也可采行局部抽脂的方式，伤口更小，仅不到一公分，手术后七天即可拆线，但复发率是各种方法中最高的。各种手术方式，虽然理论上提供了根本解决的方式，但在手术渐趋保守化的同时，术后复发性也提高了，再来术后局部腋毛生长也受影响，并非是每位患者都乐意见到的结果。