婴儿可表现为腹胀的肠梗阻，胃胆汁性残留(在喂养后)可逐渐发生呕吐胆汁，或肉眼或镜下血便，败血症可表现为嗜睡，体温不稳，呼吸暂停发作的增多和代谢性酸中毒。

对早产儿(已开始喂养)的大便作隐血筛查或还原物检查可帮助早期诊断坏死性小肠结肠炎。早期X线检查无特异性，仅显示肠梗阻，但是重复X线检查，位置固定的扩张肠段提示坏死性小肠结肠炎的存在，坏死性小肠结肠炎的X线诊断为肠壁积气和门静脉积气，气腹提示肠穿孔，需要急诊外科手术治疗。