1、约2/3发生坏死性小肠结肠炎的新生儿存活，通过积极的支持治疗和慎重及时的外科干预可改善预后。

2、约70%病例需要非外科手术性治疗。

如果怀疑坏死性小肠结肠炎应立即禁食，用连接吸引器的双腔鼻胃管来减轻肠道积气，适当的肠外胶体和晶体液体输注以维持循环，因为广泛的肠道炎症和腹膜炎可导致第三间隙相当多的液体丧失。在肠道修复的同时，需要全肠道外营养14~21日。应立即全身应用抗生素，包括β-内酰胺酶抗生素(氨苄青霉素，羧噻吩青霉素)和氨基糖苷类药物。另外也应考虑抗厌氧菌药物(如氯林克霉素，甲硝唑)的应用。治疗须持续10日。最重要的是需要不断重新评估婴儿(如至少6小时1次)和连续的腹部X线检查，全血细胞计数，血小板计数和血气分析。

3、约有1/3病例需要手术治疗。

手术指征为：肠穿孔(气腹)，腹膜炎体征(肠鸣音消失，全腹肌卫，触痛，腹壁红肿和水肿)，或通过腹腔穿刺抽出脓性物质。对坏死性小肠结肠炎的婴儿，在经过非手术治疗后临床和实验室情况恶化时也应考虑手术治疗。手术时，切除坏死肠段进行再吻合(如果残留肠段显示无缺血，可作肠段重新吻合术)。随着败血症和腹膜炎的改善，肠道营养可经数周或数月后重新建立。少数婴儿经非手术治疗后数周或数月发生肠道狭窄，通常在脾曲处的结肠，需要切除狭窄肠段来重新恢复肠道的正常结构。

4、由于某种暴发流行有传染性，因此建议如果短期内发生数例坏死性小肠结肠炎，应将患病儿隔离，并对其余接触婴儿进行评估。