从瘿瘤的病因病机可以看出，痰凝、气滞、血瘀正是该病辨证论治的关键点所在。甲状腺疾病的病变是个动态变化的过程，随着病机的转化，在不同病变阶段具有不同的病机特点。因此在治疗上，应根据不同的病机施以相应的治法和用药。
(1)痰凝：古代医家认为瘿病大多为痰做祟，化痰软坚，消瘿散结类药物是古代医家治疗瘿病的主药，常用海藻、海带、昆布、浙贝母、夏枯草、半夏等，如海藻丸、昆布丸、海藻玉壶丹等。《神农本草经》提出海藻“主瘿瘤气”，《本草经疏》中记载昆布“瘿坚如石者，非此不除，正咸能软坚也”。晋代葛洪的《肘后方》首先谈及海藻、昆布治疗瘿病。唐代孙思邈的《千金要方》中，记载了许多特效方药，如海藻、昆布、羊靥等治疗瘿瘤。
(2)气滞：长期愤懑恼怒或忧思过虑，肝气失于条达，气滞痰凝壅结颈前而成瘿，是瘿病的另一重要原因。因而历代医家无不以疏肝理气、消瘿散结为治疗瘿病的另一大法而选方用药。如《外台秘要》深师苏子膏疗气瘿方、疗瘿细气方中所用之陈皮，《外科正宗》活血散瘿汤、海藻玉壶汤中所用之青皮，治疗“忧郁伤肝，思虑伤脾”，而“生气瘿肉瘤”的十全流气饮中更有乌药、陈皮、香附、木香、青皮等多味疏肝理气类药物。
(3)血瘀：痰凝气滞日久，使血液运行受阻而引起血脉瘀滞，则可致瘿肿较硬或有结节，肿块经久不消。《外科正宗》中的海藻玉壶汤为治疗痰结血瘀型瘿病的主要方剂。方中当归、川芎养血活血，与海藻、昆布、青皮、陈皮等理气化痰药合用共同起到理气化痰、活血消瘿的作用。
(4)肝火旺盛：痰气壅结，忧恚郁怒，气滞血瘀，郁久极易化火，因此古代医家多运用龙胆草、黄芩、栀子、夏枯草等苦寒药物以泻其火，用以治疗肝火旺盛，烦躁易怒，汗出型瘿病。如《外台秘要》中5个治瘿的方剂和《圣济总录》中4个方剂都运用了龙胆草等清肝泻火的药物。
(5)阴虚火旺：瘿病痰气郁结日久化火，火热耗伤阴精而导致阴虚火旺，其中尤以肝、心两脏阴虚火旺的病变更为突出。