脑炎后遗症的预后与病变的范围和病情的轻重有关。脑部病变较局限且未侵犯"生命中枢"，病情较轻时，其预后往往良好。如昏迷持续时间较长，或有频繁惊厥时，脑部缺氧及病理变化加重，预后多较差，容易留有神经、精神的后遗症。某些病毒所致的脑炎预后较差，如西方马脑炎患儿常有后遗症，年龄愈小愈严重。