脑积水的原因很复杂，从胎儿，新生儿，婴儿，儿童，少年到成年人，病因不同。颅脑外伤，颅内出血，感染，肿瘤，先天发育畸形等都可引起。
脑积水的原因一、先天畸形
如中脑导水管狭窄、室间孔闭锁畸形(第四脑室正中孔或侧空闭锁)，脑血管畸形，脊柱裂，小脑扁桃体下疝等。
脑积水的原因二、感染
胎儿宫内感染如各种病毒、原虫和梅毒螺旋体感染性脑膜炎未能及早控制，增生的纤维组织阻塞了脑脊液的循环孔道，或胎儿颅内炎症也可使脑池、蛛网膜下腔和蛛网膜粒粘连闭塞。
脑积水的原因三、其他因素
出血：颅内出血后引起的纤维增生，产伤颅内出血吸收不良等。
肿瘤：可阻塞脑脊液循环的任何一部分，较多见于第四脑室附近，或脉络丛乳头状瘤。
某些遗传性代谢病、围产期及新生儿窒息、严重的维生素A缺乏等。