1.发热性疾病 当急性肾盂肾炎的全身感染症状突出而尿路局部症状不明显时，易与发热性疾患如疟疾，伤寒，败血症等相混淆，误诊病例约占40%，但是，若能详细询问病史，尤其注意显著的寒战与脊肋角的叩击痛往往提示本病的可能性，通过尿沉渣与细菌学检查，鉴别不难。
2.腹部器官炎症 有些急性肾盂肾炎可无尿路局部症状，而表现为腹痛，恶心，呕吐，发热，白细胞增高等，易误诊为急性胃肠炎，阑尾炎及女性附件炎等。
3.与FHCS鉴别 少数病例要注意与Fits-Hhagh-Curts综合征(FHCS)鉴别，1930年Curts，1934年Fits-Hugh首先报道的，该病患者的特征是淋菌性输卵管炎合并肝周围炎，后来发现沙眼衣原体感染也会出现同样症状，目前把盆腔炎性疾患伴发的肝周围炎称为FHCS，生育年龄妇女，先有妇科症状，然后出现右上腹疼，在肝，胆，胰检查无异常时，应将本综合征与右侧肾盂肾炎相鉴别，尿细菌学检查有助于二者的鉴别。