关于慢性肾炎的病因和发病原理目前尚有争论，但大多数认为本病与急性肾炎是同一疾病的不同病期，是一种与感染，特别是乙型溶血性链球菌感染有关的免疫反应性疾病。肾脏的病变大多为双侧弥漫性，少数呈局灶性。早期肾小球毛细血管内皮细胞增生，伴有炎性细胞浸润，肾小管上皮细胞有混浊脂肪性变，管腔内有脱落的上皮细胞，肾脏肿大而苍白，成为“大白肾”。晚期多数肾小球呈纤维化和玻璃样变，其所属肾小管显著萎缩，最后肾单位结构完全消失，肾间质中纤维组织增生，肾小球动脉不同程度慢性硬化，由于肾纤维化和多数肾单位的消失、肾脏体积缩小，被膜与肾皮质粘连不易剥离，皮质变薄而不规则成为皱缩肾。

中医学视慢性肾炎的临床表现概述为“正水”和“石水”，属于“水肿”病中的“阴水”范畴。其病因包括两个方面，外因是外感风寒湿热或疫毒，内因是七情内伤、饮食不节、房室过度等。病机主要是肺、脾、肾的虚损，气血、阴阳的失调。病变由虚致实，虚实夹杂。水肿为慢性肾炎的首要症状，是由于肺、脾、肾、三焦气化失常，水液代谢障碍，水湿留滞而为水肿。慢性肾炎尿的改变如蛋白尿、血尿、管型尿，其机理是肺、脾、肾三脏的虚损，升降失司，精关不固，津液不能输布。