1、尿常规
约90%的患者可发现尿液异常，尿一般呈酸性，镜下脓尿和血尿最为常见，伴少量尿蛋白质，尿常规检查是早期筛选肾结核的重要线索。
2、尿涂片找结核菌
要取24h尿或晨间第1次尿沉淀物直接涂片，作抗酸染色找结核菌，连查3次，50%～70%的患者可查到结核菌，但需注意，若涂片阳性，也不能完全确定，因耻垢杆菌或其他耐酸杆菌可以污染尿液，从形态学上难以与结核分支杆菌区别，导致假阳性，尤其不能依靠1次阳性结果来诊断，故收集尿液标本时应将外阴及尿道口洗净避免污染，检查前1周应停用所有抗结核药物，以提高尿检的阳性率。
3、尿结核菌培养
是诊断肾结核的重要依据，并可进行细菌耐药性监测，一般认为晨尿标本优于24h尿，因晨尿易于收集且污染机会较少，但由于结核菌向尿中排泄是间隙性的，故在应用抗结核治疗前至少留3天晨尿做结核菌培养，其阳性率可达80%～90%，有些学者提出收集6次晨尿培养更好。
4、免疫学方法免疫学
诊断是根据抗原抗体间的特异性反应原理，以检测血清及尿中的抗原，抗体，抗原抗体复合物，有助结核病的诊断，常用检测方法有放免测定法(RIA)及酶联免疫吸附试验(ELISA)，湖北医学院用ELISA测定结核菌抗体诊断肾结核，与病理诊断的符合率为82%，如果同时测定抗原和抗体阳性率可达96、5%，与结核菌培养接近。
20世纪80年代以来应用分子生物学技术，从结核菌中分离出特异性较强的DNA质粒，直接与标本进行DNA-DNA杂交，显示了DNA探针诊断结核的优越性，比结核菌培养更准确，迅速，最近研究成功的多浆酶链反应技术(PCR)，能在试管内将特异性DNA或RNA扩增，大大提高了试验的敏感性，该方法尤其适用于诊断困难而又急于早日进行治疗的患者，现已逐步在临床中推广应用。