尿中查到结核杆菌虽可明确肾结核的诊断，但具体病变的位置，范围的大小，单侧抑或双侧以及治疗方案的选择均有赖于进一步影像学检查。
1、平片
泌尿系平片可观察双肾轮廓，大小，位置，腰大肌的影像，以及肾，输尿管，膀胱有无结石，钙化或异物，肾结核钙化多不规则，密度不均，干酪空洞型结核常见围绕空洞壁钙化，呈圆形或半圆形，多位于肾实质，除非有广泛的肾脏钙化，结核性输尿管钙化非常少见，应与埃及血吸虫病相鉴别，前者为输尿管腔内的钙化，输尿管增粗而并不扩张，而埃及血吸虫病为输尿管管腔钙化，通常有输尿管扩张和扭曲，有时腰大肌脓肿钙化可与肾脏钙化相混淆，可进行静脉尿路造影以进一步明确诊断。
另外，应拍胸部及脊柱平片以排除陈旧性或活动性肺部及脊柱病变。
2、静脉尿路造影(IVU)
不仅可以显示肾脏，输尿管结核破坏情况，且可了解对侧肾功能状况，肾结核早期肾盂边缘不整如虫蚀样，肾盏失去杯口形状，严重时肾实质干酪样坏死形成空洞，肾盏颈部可因结核性纤维化而狭窄，甚至肾盏颈部完全梗阻未显影，局限性结核脓肿可压迫使肾盂变形出现压迹，若肾脏全部破坏或输尿管因病变完全梗阻，则患肾可不显影，表现为患肾“无功能”，但不能显示该肾破坏程度，输尿管结核时显示为输尿管膀胱连接部以上的输尿管扩张，若病变严重则表现为输尿管僵硬和多发节段性狭窄，静脉尿路造影膀胱相可了解膀胱情况，有无挛缩膀胱或膀胱痉挛。
大剂量造影剂静脉尿路造影是研究泌尿系疾患的一个重要进展，可大大减少在诊断泌尿系结核中使用逆行肾盂造影，若在静脉尿路造影中辅以断层技术，则可使诊断更为准确，此外，可在电视下动态观察输尿管，了解输尿管蠕动情况及狭窄的部位与长度，观察输尿管膀胱连接部及肾盂输尿管连接处有无梗阻。
3、逆行肾盂造影
如若静脉尿路造影不能明确诊断可考虑进行逆行肾盂造影，肾结核早期，膀胱镜检可见浅黄色粟粒样结核结节，多散在位于输尿管开口附近及三角区，较重病例可见黏膜水肿，充血，溃疡，有时可行膀胱活检，如诊断为膀胱结核亦可说明肾结核的诊断，若发现膀胱呈急性结核性膀胱炎改变时禁忌行膀胱活检。
另外，若欲了解输尿管下段狭窄的长度，梗阻程度及输尿管扩张情况，以及需要收集分侧肾盂尿行结核菌涂片或培养时可行逆行肾盂造影。
逆行肾盂造影可显示肾及输尿管的结核病变如前所述，若在电视下行动态观察，则对明确诊断及制定手术方案更有帮助。
膀胱容量小于100ml或膀胱病变严重时，插管难以成功，且易于导致膀胱穿孔或大出血，是膀胱镜检及逆行造影的禁忌证。
4、经皮肾穿刺造影
近来认为，经皮肾穿刺造影为一重要诊断方法，尤其对于静脉尿路造影不显影的无功能肾脏，欲了解梗阻部位以上分尿路情况更为适宜，在肾脏增大病例中，经皮肾穿刺造影有取代逆行肾盂造影之趋势，可穿刺入扩大肾盂内并注入造影剂，显示肾盂及输尿管，还可抽出尿液，行常规检查及涂片找结核菌，并可测定结核空洞内化疗药物浓度，且可通过该技术直接注入抗结核化疗药物进行治疗，但有出血，腹膜后感染，结核性瘘管等并发症。
5、B超检查
对于诊断早期肾结核意义不大，但对已有空洞形成及肾积水的诊断有很大帮助，另外，B超对于抗结核药物治疗期间监测肾脏病变情况和膀胱容量变化有很大意义，肾结核行患肾切除后，定期超声监测对侧肾脏是否发展为肾积水，较静脉尿路造影及CT检查，既经济又安全。
6、CT检查
CT检查诊断早期肾结核有一定困难，但对晚期病变的观察优于静脉尿路造影，晚期破坏严重的无功能肾脏在静脉尿路造影时未能显示，从中未能获知任何结核病变的直接征象，但CT可清楚地显示扩大的肾盏，肾盂，空洞和钙化，亦可显示纤维化管壁增厚的肾盂及输尿管，后者作为肾结核的病理特点之一却难以被其他现有检查方法发现，CT还可观察到肾实质厚度，反映结核病变破坏程度，为决定手术方式提供参考，此外，肾结核难以与肾内病变鉴别，以及肾结核合并肾肿瘤时CT检查具有较大优势，由此，虽然大多肾结核病例无需CT检查即可获明确诊断，但对于诊断困难者仍可考虑行CT扫描。