肾结核是慢性膀胱炎的主要病因或原发病，因此，肾结核需要鉴别的疾病是可引起膀胱炎症状的几种常见疾病。
1、泌尿系统慢性非特异性感染：慢性肾盂肾炎引起的非特异性膀胱炎有较长期的膀胱刺激症状，无进行性加重，可有发热，腰痛等急性肾盂肾炎发作史，慢性膀胱炎可反复发作，时轻时重，血尿常与膀胱刺激症状同时发生，而肾结核引起的膀胱炎以尿频开始，逐渐加剧，无发作性加重，血尿多在膀胱刺激症状一段时间后出现，结核性膀胱炎合并非特异性感染约占20%，多为大肠埃希杆菌感染，尿液培养可发现致病菌，慢性膀胱炎一般不是独立疾病，常有诱因存在，应行全面检查以排除肿瘤，结石，先天畸形等。
2、尿道综合征：女性经常突然发作的尿频，尿急，尿痛等症状，时好时犯，发病时尿常规检查呈阴性，因而有膀胱刺激症状女性患者发病时应行尿常规检查以除外本症，外阴检查常可发现有处女膜伞或尿道口与阴道口间距较近，且无白带过多或阴道炎现象。
3、泌尿系结石：血尿多为运动后全程血尿，血量不多，鲜有血块，肾结石静止时仅有肾区疼痛，发作时可引起肾绞痛，膀胱结石亦可引起长期，慢性膀胱刺激症状，尿常规有红，白细胞，但常有尿流中断，排尿后下腹疼痛加重等现象，多发生于男性小儿或老年患者，结合B超，X线检查可作出鉴别诊断。
4、泌尿系肿瘤：常以无痛，间歇性肉眼血尿为主要症状，膀胱肿瘤合并感染或晚期者可有尿频和排尿困难而与肾结核相似，但肿瘤发病年龄多在40岁以上，血尿量较大并多有血块，可行B超，CT和膀胱镜检以确诊。
5、慢性肾炎：有时肾结核被误诊为肾炎，后者其实并无膀胱刺激症状，多有高血压，尿常规中有大量蛋白而仅有少量红，白细胞，颗粒或白细胞管型。