症状较急性期轻，有时可表现为无症状性尿。半数以上患者有急性肾盂肾炎既往史，其后有乏力、低热、厌食及腰酸腰痛等症状，并伴有尿频、尿急、尿痛等下尿路刺激症状。急性发作表现也时出现。以往将病程超过半年或1年者乐为慢性肾盂肾炎，近年来提出肾盂肾盏有瘢痕形成，静脉肾盂造影见到肾盂肾盏变形、积水、肾外形不光滑，或二肾大小不等才称慢性肾盂肾炎。可有肾小管功能损害，如浓缩功能减退，低渗、低比重尿，夜尿增多及肾小管性酸中毒等。至晚期，可出现肾小球功能损害，氮质血症直至尿毒症。肾性高血压很多由慢性肾盂炎引起，一般认为患者高肾素血症及一些缩血管多肽的释放和血管硬化、狭窄等病变有关。少数患者切除一侧病肾后，高血压得以改善。

慢性肾盂肾炎时临床表现复杂，容易反复发作，其原因为：①诱发因素的存在；②肾盂肾盏粘膜、肾乳头部因瘢痕变形，有利于致病菌潜伏；③长期使用抗生素后，细菌产生了耐药性，或进入细胞内，使抗生素失去杀菌能力；④在体液免疫或抗生素作用下，细菌胞膜不能形成，以原浆质形式存在，在髓质渗环境下仍有生命力，故一旦环境有利，重新生长胸膜并繁殖再毒辣，此即原浆型菌株（L型）。