健康人尿道内常有少量细菌存在，但大多数为非致病菌。男性前尿道3～5厘米处常有菌；女性尿道外段1厘米处均有菌，中段80％有菌，近膀胱4厘米处约50％有菌。当机体抵抗力低下时，细菌乘虚而入并致病。

常见的致病菌：引起肾盂肾炎的细菌多是会阴部及肠道内常见的菌种，其中革兰氏阴性菌占75％，阳性菌占25％，革兰氏阴性菌中以大肠杆菌最常见，其次是副大肠杆菌、绿脓杆菌、变形杆菌、产气杆菌等；阳性以葡萄球菌最常见，其次是肠球菌及绿色链球菌。

中医学认为急性肾盂肾炎，以邪实为主，正邪相搏，表现为一派湿热症象。湿热久稽，耗伤津液，损伤正气，致使临床表现为肾阴不足，脾肾两虚的证候，此时，正虚邪恋，则属于慢性肾盂肾炎的阶段。