由于慢性肾盂肾炎反复发作，导致肾脏中炎症和修复过程交替进行，结缔组织增生和瘢痕形成，使得局部血运差，抗生素不易进入病灶;局部引流不畅，致病菌难以清除，因此炎症难以控制，受损的肾组织不易修复。而受损肾组织在恢复之前，也是引起反复感染的一个重要因素。因而慢性肾盂肾炎治疗的重点为尽快消灭致病菌，促使受损肾组织尽早恢复。同时积极寻找易感因素，尽快去除，是抗菌治疗的有效前提。如手术治疗肥大的前列腺，使尿路梗阻得以解除，就可以有效的治疗肾盂肾炎。抗菌治疗的原则为：
(1)抗生素的选择：定期作尿细菌培养和菌落计数，并参考药物敏感试验的结果来选用最敏感的抗生素。由于致病菌较为顽固，以2—3种抗生素联合应用为佳。
(2)疗程：疗程是慢性肾盂肾炎治疗成败的关键，不能足疗程用药，即使原来治疗有效，往往不能彻底清除细菌，同时培养了耐药菌，使致病菌得到喘息，一旦条件适宜，即可复发，病情迁延。因此，慢性肾盂肾炎急发时，按急性肾盂肾炎的治疗原则用药，总疗程不少于4周。当临床症状被控制后，可停药观察，一般每月复查尿常规和尿细菌培养一次，共半年。若尿中仍有菌，可采用长程低剂量抑菌治疗，具体方法为：每晚睡前排尿后口服单一剂量抗生素，剂量为每日剂量的 1/3—1/2。抗菌药可选择3—4种为一组循环使用，即可使副作用降到最低，又可预防耐药性的产生，还可达到较好的抑菌效果。可选用复方新诺明、羟氨苄青霉素、头孢菌素Ⅳ等。疗程尚无定论，可用4个月、6个月、甚至1年。