本病常需与下列疾病进行鉴别诊断：

1.肠易激综合征 发病与精神心理障碍有关，常有腹痛腹胀腹鸣。可出现便秘与腹泻交替伴有全身神经官能症症状。粪便有黏液但无脓血，显微镜检查偶见少许白细胞结肠镜等检查无器质性病变。

2.直肠结肠癌 多见于中年以上人群，直肠癌指诊检查时，常可触及肿块粪隐血试验，常呈阳性结肠镜和钡灌肠检查，对鉴别诊断有价值，但须和溃疡性结肠炎癌变相鉴别。

3.慢性阿米巴痢疾 病变常累及大肠两端，即直肠乙状结肠和盲肠升结肠溃疡。一般较深边缘潜行溃疡与溃疡之间，黏膜多为正常粪便检查。可找到溶组织阿米巴滋养体或包囊通过结肠镜，采取溃疡面渗出物或溃疡边缘组织查找阿米巴阳性率较高，抗阿米巴治疗有效。

4. 结肠血吸虫病 有血吸虫疫水接触史，常有肝脾肿大慢性期直肠，可有肉芽肿样增生可有恶变倾向，粪便检查可发现血吸虫卵孵化毛蚴呈阳性结果，直肠镜检查在急性期可见黏膜，有黄褐色颗粒活检黏膜压片，组织病理学检查可发现血吸虫卵。

5.慢性细菌性痢疾 一般有急性痢疾的病史，多次新鲜粪便培养，可分离出痢疾杆菌抗生素治疗有效。

6.缺血性结肠炎 多见于老年人由动脉硬化，而引起突然发病下腹痛伴呕吐24～48h后出现血性腹泻发热，白细胞增高轻者为可逆性过程经l～2周至1～6个月的时间可治愈；重症者发生肠坏死穿孔腹膜炎钡灌肠X线检查时，可见指压痕征假性肿瘤肠壁的锯齿状改变及肠管纺锤状狭窄等。内镜下可见由黏膜下出血，造成的暗紫色隆起黏膜的剥离出血，溃疡等与正常黏膜的明显分界病变部位多在结肠脾曲。

7.其他 还须鉴别的疾病有肠结核假膜性肠炎、放射性肠炎、结肠息肉病结肠憩室等。