VanPraagh认为法洛四联症的四种畸形是右室漏斗部或圆锥发育不良的后果，即当胚胎第4周时动脉干未反向转动，主动脉保持位于肺动脉的右侧，圆锥隔向前移位，与正常位置的窦部室间隔未能对拢，因而形成发育不全的漏斗部和嵴下型室间隔缺损，即膜周型室间隔缺损。若肺动脉圆锥发育不全，或圆锥部分完全缺如，则形成肺动脉瓣下型室间隔缺损，即干下型室间隔缺损。目前该病病因尚不明确，认为可能与胎儿子宫内病毒感染，如风疹病毒综合症，或母亲酗酒，妊娠期服药，如苯丙胺，雌激素，孕酮类，抗惊厥药物等因素有关。