由于胃酸的反流，可引致下列并发症。
(1)反流性食管炎：
Skinner报道1168例食管裂孔疝病人(食管裂孔滑动疝约占78%，食管旁型约占8%)60%发现有食管炎，14%有反流而无症状;胃食管反流主要发生在食管裂孔滑动疝，食管旁疝仅30%伴有反流，胃食管反流也可出现在正常情况下，但大多数反流物很快从食管下段廓清，无任何症状，亦不造成对食管黏膜的损害，食管裂孔滑动疝因下食管括约肌功能失调而并发胃食管反流，尤其食管中的酸性胃液排空延迟者可发生食管黏膜损伤，当反流的胃内容物长时间与食管黏膜接触，刺激，可导致黏膜被破坏形成溃疡性食管炎，长期反复发作，最终导致食管纤维化，食管狭窄和(或)短缩，在食管炎的不同阶段，病人可出现胸骨后烧灼样痛，吞咽困难等症状。
有学者认为，食管裂孔疝是否并发反流性食管炎以及反流性食管炎的范围如何，取决于贲门，下食管括约肌的功能状况，食管裂孔滑动疝在其下食管括约肌及贲门括约肌功能健全时，既没有胃食管反流，也没有反流性食管炎;当贲门括约肌功能不全，而下食管括约肌功能健全时，胃食管结合部与疝囊之间因失去防止胃食管反流的屏障，致使胃液可在胃食管结合部往返，造成下食管括约肌平面以下的反流性食管炎;当贲门括约肌和下食管括约肌的功能均丧失时，胃液可反流至下食管括约肌平面以上的食管部分，导致弥漫性食管炎。
(2)梗阻：
食管炎早期，食管壁水肿和食管肌层的痉挛导致食管腔变窄;晚期食管纤维化形成瘢痕性食管狭窄;食管旁疝压迫食管等亦可致食管梗阻，主要表现为食物停滞感，吞咽障碍和吞咽困难。
食物停滞感是指吞咽后自觉胸骨下段有食物停滞的感觉，是由疝囊内食物停留及疝囊压迫食管所引起，食团在食管炎症区或运动功能不协调区暂时停留，可能造成某些感觉，病人可单纯感到食物或液体在食管上方停顿，要等待食团向下行或饮水冲下;有时可幻觉感到有食团在食管内阻塞。
吞咽障碍，咽下困难多因食管溃疡或狭窄，食管痉挛所致，多在进食粗糙，过热或过冷食物后发作，食物下咽时发生部分或完全梗阻，并不一定发生疼痛，下咽固体食物困难表示有狭窄，下咽液体困难主要是运动功能的异常，在饮液体时有时发生不能预测的突然喷出，这是由于不协调的食管运动造成，其另一特征是第1口吞咽困难，开始几口食物下咽很慢并困难，随后下咽就比较容易，但总是比别人下咽慢，食物阻塞的部位决定于食管狭窄的长度及裂孔疝的大小，一般患者感觉到的梗阻部位比解剖部位为高，水肿和痉挛可导致食物通过狭窄部明显停顿，但内镜检查时可以通过，随着狭窄的进展，食物进入胃内很慢，进餐后积存于食管内，直至反胃或发生高度吞咽困难。
(3)上消化道出血：
多由食管炎，食管溃疡引起，约1/3的患者没有明显的食管炎症状，通常表现为慢性小量出血和缺铁性贫血，约占本病所致上消化道出血的80%，偶尔表现为严重的缺铁性贫血，弥漫性食管炎或食管溃疡有时可发生剧烈呕血，慢性失血多表现为大便潜血试验阳性，很少发生黑便。
(4)呼吸道症状：胃食管异常反流可引起喉和肺的病变，当反流物经常通过环咽部括约肌进入下咽部，可被误吸入喉和气管，发生声带的炎性息肉，严重的误吸可导致支气管炎，肺炎反复发作，少数情况下，吸入的异物留在肺内可引起肺脓肿或支气管扩张，还可以诱发哮喘发作。