肌肉运动失调（30%）：
咽食管憩室常不是单一因素造成的，多由于环咽肌和食管肌肉运动失调、失弛缓或其他运动异常，在上述解剖基础上造成粘膜膨出而形成憩室。
食物刺激（20%）：
极少数咽食管憩室发生癌变，可能是由于长期食物及分泌物刺激所致，患者习惯性地压迫憩室以利于憩室排空，也可能是癌变的一个原因。在服钡造影时如发现憩室内壁不规则，应高度怀疑憩室癌变，需进一步检查。
淋巴结炎症（20%）：
食管中段憩室可以是膨出型或牵出型，多数是牵出型憩室，食管中段膨出型憩室与膈上憩室的病因和表现完全相似，而牵出型憩室是由于支气管旁淋巴结炎症或结核引起瘢痕牵引所致，它具有食管的全层组织，包括粘膜、粘膜下层和肌肉层，颈宽底窄形似帐篷。牵出型憩室多发生在气管分叉部的食管前壁和右侧壁。有些作者认为一部分与食管运动异常无关的食管中段憩室是先天性的肠源性囊肿或食管重复。