从多年来各国学者对胸腺瘤的研究中可以看出，胸腺瘤的一些预后因素是较为明显的，这些因素将影响到胸腺瘤病人的存活。其中主要有：
1.肿瘤是否具有入侵性(即包膜是否被浸润)，以及手术切除是否完全切除是影响预后的最主要因素。
2.胸腺瘤的细胞类型尤其浸润性上皮细胞型胸腺瘤对病人的预后是一个非常不利的因素。Lewis(1987)等指出：上皮细胞型胸腺瘤病人在10年后的存活率较其他类型有很大下降。
3.肿瘤体积大，对长期存活率有负面作用。
4.重症肌无力的存在不再是胸腺瘤病人的一种负面因素。不少学者指出：以治疗的长期效果看，伴有重症肌无力的胸腺瘤的预后较没有伴发重症肌无力的相对要好。其原因可能是前者的早期发现起了主要作用。
5.胸腺瘤同时伴有红细胞发育不全、低丙种球蛋白血症或全身红斑狼疮的病人，其预后很差。
6.Ⅱ期、Ⅲ期浸润型胸腺瘤进行联合治疗(手术加放疗)较单纯手术组的预后要好。
7.大剂量多种化疗方案治疗的晚期胸腺瘤(病灶不能切除或已有转移)中发现有值得注意的长期存活的病例。
Regnard(1996)报道307例胸腺瘤手术。其中完整切除260例，姑息性切除30例，活检17例。术后对浸润性及转移性胸腺瘤均给予放疗。总的10年生存率为67%，15年生存率为57%。并强调指出：在Ⅲ期胸腺瘤中，完整切除的生存率明显高于姑息性切除(P<0.001)。因而作者提出：完整切除是预计生存期的主要因素。
尽管有完全包膜的肿瘤很小,其复发危险性很高，建议再次手术或术后放疗。对于有浸润性且仍保持典型无刺激性细胞外观的胸腺瘤，常需术后放疗以达到足够控制的目的。事实上尽管采取放疗，侵袭性胸腺瘤患者的10年成活率仍低于有包膜肿瘤的10年成活率。